Theo Bộ Tài chính, số thuế GTGT khấu trừ được xác định bằng 2% giá trị khối lượng hoàn thành công trình, hạng mục công trình XDCB đã được KBNN chấp nhận.

Cụ thể, với khấu trừ thuế GTGT, người nộp thuế có hoạt động xây dựng cơ bản được chủ đầu tư thanh toán cho khối lượng các công trình, hạng mục công trình XDCB bằng nguồn vốn NSNN, thanh toán từ nguồn NSNN cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA (phần vốn đối ứng trong nước thanh toán tại KBNN cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án ODA), không kể có trụ sở chính hay không có trụ sở chính trên địa bàn tỉnh, thành phố hoặc quận, huyện nơi có hoạt động xây dựng công trình đều thuộc diện KBNN khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào NSNN.

Số thuế GTGT khấu trừ được xác định bằng 2% giá trị khối lượng hoàn thành công trình, hạng mục công trình XDCB đã được KBNN chấp nhận trong từng lần chủ đầu tư đề nghị thanh toán được chủ đầu tư tính toán bao gồm cả giá trị tư vấn giám sát, khảo sát thiết kế lập kế hoạch dự án… ghi trên cùng hợp đồng của công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản.

Ngoài ra, không thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với các hợp đồng tư vấn, khảo sát, thiết kế, lập dự án, kiểm toán, bảo hiểm.

Đối với trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt vãng lai ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương nhưng không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp huyện thực hiện khai thuế giá trị gia tăng của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế GTGT tại trụ sở chính thì khi nhận được chứng từ khấu trừ do KBNN chuyển đến, cơ quan Thuế nơi có công trình xây dựng, lắp đặt vãng lai không hạch toán số đã nộp của người nộp thuế mà chỉ hạch toán thu vãng lai để tổng hợp lên báo cáo thu nội địa trên địa bàn. Người nộp thuế được trừ số tiền thuế KBNN đã khấu trừ vào chỉ tiêu "Số thuế đã nộp vãng lai ngoại tỉnh" trên tờ khai thuế GTGT theo mẫu, kèm theo chứng từ khấu trừ để chứng minh.

Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt trong cùng địa bàn tỉnh/thành phố trực thuộc trung ương nơi đóng trụ sở chính nhưng khác địa bàn quận/huyện (nhà thầu nội tỉnh) thực hiện như sau: KBNN nơi ngân sách địa phương được hưởng nguồn thu thuế GTGT khấu trừ phải truyền chứng từ khấu trừ (giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước) cho cơ quan Thuế đồng cấp để cơ quan Thuế không hạch toán số đã nộp của người nộp thuế mà chỉ hạch toán thu vãng lai để tổng hợp lên báo cáo thu nội địa trên địa bàn.

Đồng thời, cơ quan Thuế đồng cấp với KBNN nơi được hưởng nguồn thu thuế GTGT khấu trừ ngay sau khi nhận được chứng từ khấu trừ thuế GTGT của công trình xây dựng, lắp đặt nội tỉnh do KBNN chuyển đến, phải chuyển chứng từ cho cơ quan Thuế nơi quản lý người nộp thuế để hạch toán số đã nộp cho người nộp thuế mà không tổng hợp lên báo cáo thu nội địa trên địa bàn.